阿苏九重国立公园的生态系统可大致分为三大类型：弥漫着火山气体的荒野、覆满山岳的森林与通过策略烧除和除草进行维护的草原。火山周围生长着一簇簇九州杜鹃（学名：Rhododendron kiusianum）和越橘等植物。草原上则生长着许多濒危植物，如糙毛蓝刺头和东方堇菜。
园区的森林与草原中栖息着大琉璃小灰蝶（学名：Shijimiaeoides divinus）等濒危蝴蝶，以及九州虾夷蝉和大黑黄金圣甲虫等昆虫。这里也是三道眉草鹀、赤胸鹀、红颈苇鹀和黑眉苇莺等鸟类的家园。
植物
九州杜鹃
园区的森林与草原中栖息着大琉璃小灰蝶（学名：Shijimiaeoides divinus）等濒危蝴蝶，以及九州虾夷蝉和大黑黄金圣甲虫等昆虫。这里也是三道眉草鹀、赤胸鹀、红颈苇鹀和黑眉苇莺等鸟类的家园。
九州杜鹃
糙毛蓝刺头
这种稀有的植物在冰河时代从亚洲大陆传播开来。每年 8 月和 9 月，糙毛蓝刺头会绽放出蔚蓝色的球形花朵，其叶片外形类似于蓟并且带刺。这种植物生长于草原，因此也容易因草原消失而绝迹。
糙毛蓝刺头
动物
大琉璃小灰蝶
大琉璃小灰蝶（学名：Shijimiaeoides divinus）是阿苏九重国立公园的特有生物之一，是稀有的草食性蝴蝶物种。
大琉璃小灰蝶
赤牛
与其名称不同，赤牛的体色为褐色。几个世纪以来，阿苏地区的农家皆饲养赤牛从事农耕工作。这些赤牛一边悠闲地吃草，一边慢慢地穿过草原，勾勒出一幅田园画卷。
赤牛