南阿尔卑斯国立公园的植被随海拔而变化：海拔 1,600 米以上有日本山毛榉，2,700 米以上则有白叶冷杉、偃松及鲜花盛开的高山草原。许多特有珍稀高山植物均生长在此区域。
公园中生活着各种各样的野生动物，包括日本髭羚、日本白鼬、岩雷鸟及日本猕猴。
植物
北岳草
北岳草（学名：Callianthemum hondoense）是一种只生长在北岳山顶附近的多年生高山植物，6 月底至 7 月初会开出白色的花朵。
北岳草
高山草原
南阿尔卑斯国立公园内生长着丰富多样的高山植物。荒川岳的草原上生长着许多长白金莲花（学名：Trollius japonicus）和水仙银莲花（学名：Anemone narcissiflora），这里是公园内最大的鲜花草原。
南阿尔卑斯国立公园的高山植物
动物
日本白鼬
日本白鼬（学名：Mustela erminea nippon）属于鼬科，为肉食动物，栖居在海拔超过 1,200 米的亚高山地区。白鼬的毛色会从夏季的棕色逐渐变为冬季的白色，但下腹部终年都是白色。
日本白鼬
红襟粉蝶
红襟粉蝶（学名：Anthocharis cardamines niphonica）是橙尖粉蝶的亚种。这种高山蝴蝶于冰河时代从亚洲大陆来到日本，气候变温暖后，又转而前往高海拔地区栖息。
红襟粉蝶