山陰海岸國家公園擁有峭壁、海洞、沙丘及礁石等多樣地形，因而成為高生物多樣性的自然棲息地。像是篩草、單葉蔓荊及腎葉打碗花等植物均於鳥取及丹後砂丘茁壯生長，也有節慶多彩海麒麟這類的海兔和海蛞蝓棲息在公園附近的海域。公園內各處更住著各式各樣的哺乳動物，像是梅花鹿、野豬和貉。
植物
洞庭藍
洞庭藍（學名：Pseudolysimachion oruatum）是一種生長在日本海沿岸的多年生植物，會在 8 月至 9 月期間開出小巧的紫色花朵。在山陰海岸國家公園內的丹後砂丘隨處可見其身影。
洞庭藍
腎葉打碗花
腎葉打碗花（學名：Calystegia soldanella）是一種生長在海濱沙地及湖濱區域的多年生攀藤植物。5 月至 6 月期間，可於山陰海岸國家公園見到其盛開的粉色喇叭狀花朵。
腎葉打碗花開出的花呈喇叭形
動物
東方白鸛
東方白鸛（學名：Ciconia boyciana）通常棲息於濕地之中，牠們以小型生物為食，例如魚、青蛙、蛇和蚱蜢。東方白鸛曾一度於日本野外銷聲匿跡，之後經過重新引進，現棲息於圓山川周圍。
東方白鸛
節慶多彩海麒麟
節慶多彩海麒麟（學名：Hypselodris festiva）棲息於潮池和礁石，屬於海蛞蝓的一種。牠們的身體呈深藍色，並帶有亮黃色的斑點和線條。這種軟體生物通常以海綿為食。
節慶多彩海麒麟身上的色彩鮮艷奪目