O Japão também se preocupa em preservar suas riquezas naturais, por isso, a modalidade de ecoturismo está cada vez mais ganhando espaço por lá. Os visitantes podem conhecer as mais diferentes manifestações de flora e fauna japonesas de maneira sustentável. Isso inclui a interação afetando o menos possível o ecossistema local e desenvolvendo a consciência e valorização do meio ambiente.